詹姆斯库克大学的热带生物科学专业在全球属于领先地位。受到全球认可的学科有海洋生物、沿海与环境科学、热带雨林、世界旅游业组织鉴定学会（WTO）、海洋考古学、公共卫生学. 其海洋学科是全球顶尖大学之一。它的硕士学位课程有许多独到之处， MBA 课程在澳大利亚具有相当声誉，并且环境保护、酒店管理、项目管理、医院管理等专业的硕士课程也为该校的强项，另外，詹姆斯库克大学还可以针对市场的需求量身订制新的硕士专业课程。