滑铁卢大学共设有六个学院：文学院（Faculty of Arts），工程学院（Faculty of Engineering），数学院(Faculty of Mathematics)，理学院(Faculty of Science)，环境研究学院(Faculty of Environmental Studies)，应用健康科学院(Faculty of Applied Health Science)。学校共授予100多种本科学位专业，28种硕士及博士学位专业。其中以工程学院和数学学院最为著名。