吕贝克大学于1964年作为吕贝克医药学院而建立，并于开始的几年间作为基尔大学的第二医药专业而设置，而如今的学科范围已从医学扩展到了科学和教学，但是仍旧同医院紧密联系与合作，吕贝克大学的医学学科由此在德国占据明显优势。从1973年开始为独立大学。吕贝克大学这个名字更改于2002年(以前是称为“吕贝克医药大学”)。

　　大学有2万4千多学生，160多位教授和100多位编外讲师。大学的门诊中心在吕贝克大学校园内最大化提供了21个诊所总共1200多张床位和16个医药研究所。有着5万3千多员工的大学和门诊中心是在吕贝克地区最大的工作雇主。