基尔大学创办于1665年，历史悠久，学科门类齐全，是德国富有传统的大学之一。一批享有声望的科学家曾在此任教，如马克斯·普兰克（MaxPlanck），海因里希·赫茨（HeinrichHertz），以及于1950年获诺贝尔奖的化学家奥托·迪尔斯（OttoDiels），他是在基尔任教过的总共6名诺贝尔奖获得者中的最后一名。 第二次世界大战期间，基尔大学除校属医院之外，几乎所有的大学建筑物都毁于空袭。1945年后，基尔大学在基尔市西北郊一块约80公顷的土地上进行了重建和扩建。只有校属医院还留在市中心附近的原大学旧址上。现在除了少数几个部门外，大学的所有院、系、诊所均被安排在崭新的配有现代化设施的大楼里。