基尔大学共包括九个学院：神学院（Theologie）、法学院（Rechtswissenschaften）、经济--社会科学学院（Wirtschafts- und Sozialwissenschaften）、医学院（Medizin）、人文学院（Philosophie）、数学-自然科学学院（Mathematik-Naturwissenschaft）、农业学院（Agrarwissenschaften）、教育学院（Erziehungswissenschaften）、技术学院（Technik）等九个学院80个专业，其专业领域从考古学、药物学到罗马语直至动物学，此外还为在校学生提供音乐、文化和体育等丰富多彩的课外活动。