哥本哈根大学成立于1479年6月1日之后，国王基督教批准其成立由西斯四。基于对德国模式，大学构成的四学系：神学，法律，医学和哲学。

　　和欧洲其他国家早期的大学一样，哥本哈根大学最初也是由天主教会创建，以培养教士、传播基督教思想为职责。早期的哥本哈根大学的专业设置除神学外，还包括法学、医学和哲学。1573年马丁·路德新教改革之后，哥本哈根大学得以重建，并从天主教大学转变为新教大学。在1675至1788年之间，哥本哈根大学引进了学位考试制度。这种制度最先应用于神学院，之后向其他学院推广。截至1788年，所有专业的学生都必须要参加学位考试来获取学位证书。

　　哥本哈根大学建校初期隶属天主教会管辖，到1537年转归丹麦路德会（Danish LutheranState Church），其主要功能是为国家培育神职人员。直至德国的大学模式在17世纪引进丹麦，哥本哈根大学的教育系统才产生重大的变革，渐渐设立了学士、硕士、博士等学位课程，以及相关的考试和实习模式；课程越来越多，尤其在医科和法学方面，发展非常迅速，学院渐具规模。哥本哈根大学的图书馆、教学医院等重要项目，也陆续兴建起来，成为丹麦高等教育及科研的中心。

　　直至德国的大学模式在17世纪引进丹麦，哥本哈根大学的教育系统才产生重大的变革，渐渐设立了学士、硕士、博士等学位课程，以及相关的考试和实习模式；课程越来越多，尤 其在医科和法学方面，发展非常迅速，学院渐具规模。哥本哈根大学的图书馆、教学医院等重要项目，也陆续兴建起来，成为丹麦高等教育及科研的中心。哥本哈根大学位于北欧和欧洲大陆的十字路口。建校以来500多年的历史，从中世纪的学术先师同教廷、国王的抗辩，到20世纪上半叶两位科学巨匠玻尔与爱因斯坦之间的学术争论，构成一部不断探索真理、追求极至、繁荣文化、开拓文明的教育创业史。

　　1842年和1850年之间，哥本哈根大学进行了大规模的院系调整。原来的医学院和外科医学研究所合并为保健科学学院。1848年，法学院内也进行了调整，将新兴的政治学科归入法学院。1850年，数学和自然科学专业从哲学院中分离出来，单独成为一个独立的学院。

　　1877年，哥本哈根大学录取了第一位女学生。1960年至1980年间是哥本哈根大学发展的黄金时期。期间，学生人数从6000增至26000，教职员工人数也相应大规模增加。此外，这一时期内还兴建了新的动物学博物馆，以及以物理学家奥斯特和克罗赫命名的研究所。学校还在阿玛格岛上建立了新的校区。

　　哥本哈根大学于1970年颁布校规，规定对大学施行民主化管理。1973年，这一规定得到修正，并很快被丹麦的所有高等教育机构所采纳。1990年至1993年期间的改革使得大学开设的所有专业都有授予学士学位的资格。

　　1993年，法学专业脱离社会科学学院而成立独立的法学院。1994年，哥本哈根大学开设环境科学、南北关系和生物工艺学等新专业，并在政策上给予倾斜，以适应其长期发展的需要。从1996年开始至今，哥本哈根大学又陆续建造了一些新的建筑，包括人文科学学院大楼和生物工艺学研究中心。