鹿儿岛大学设有法文学部（法政策学科、经济情报学科、人文学科）、教育学部（学校教育教员养成课程、生涯教育综合课程）、理学部（数理情报科学科、物理科学科、生命化学科、地球环境科学科）、医学部（医学科、保健学科）、齿学部（齿学科）、工学部（机械工学科、电气电子工学科、建筑学科、应用化学功能哦各学科、海洋土木工学科、情报工学科、生体工学科）、农学部（生物生产学科、生物资源化学科、生物环境学科、兽医学科）、水产学部（水产学科、水产教员养成课程）。

　　大学院设有人文社会科学研究科、教育学研究科、理工学研究科、保健学研究科、农学研究科、水产学研究科、医齿学综合研究科、司法政策研究科、临床心理学研究科、联合兽医学研究科。