京都大学从创校以来就有理重于文的传统，在全校的学部、研究所、教学与科研中心中理科明显占优势。学校一向注重于学术上的高标准，尤以理科著称，因而形成了独具特色的“京都学派”。人们曾这样形容“京都学派”：京都大学的学者教授们“十分执着于理论研究，即使在常人看来芝麻一样的小事，他们也会饶有兴趣，只要是合乎学术道理的，就会义无反顾地去做”。这个学派最早是京都大学文学部著名的哲学家西田几多郎以及他的弟子田边元、三木清等人倡导发起的。正是他们的这种“兴趣”和“执着”才使京都大学成为了科学家的摇篮。

　　从机构的设置和科学研究的组织上也可以充分看出京都大学的特色。这里的许多研究所和中心是全国独一无二的，先进的仪器设备和优良的研究环境为科学研究准备了得天独厚的条件，研究人员如鱼得水，因而在研究课题和研究成果方面在日本颇具影响。