宫崎大学有 4 个本科院系，分别为教育文化学部、医学部、工学部和农学部。医学部有 2 个专业：医学和护理学。工学部下设 6 个专业：材料物理工学、物质环境化学、电气电子工学、土木环境工学、机械系统工学、信息系统工学。农学部有以下专业：食料生产科学、生物环境科学、地域农业系统学、应用生物科学、兽医学。 其中医学部全国有名。

　　研究生院设下列学科：教育学研究科、医学系研究科（含硕士课程和博士课程）、工学研究科（含博士前期和后期）、农学研究科（硕士课程），同时，也设有与鹿儿岛大学和山口大学研究生院共同开发的博士课程——联合农学研究科。

　　附属设施有：地域共同研究中心、生涯学习教育研究中心、综合情报处理中心、大学教育研究企划中心、安全卫生保健中心

　　本校为含有农学系、教育文化学系、理工学系、医学系等的优良大学，以在宫崎扎根，迈向世界的国际观培养更多在各领域优秀出色的人才。