1870年共立医院设立，后发展为新潟医科大学。二战后、新潟医科大学・旧制新潟高等学校・新潟第一师范学校・新潟第二师范学校・新潟青年师范学校・县立农林专门学校・长冈工业专门学校合并。1949年根据“国立大学设置法”，设立新制的国立综合大学“新潟大学”。当时拥有人文、教育、理、医、工、农等6个学部。1965年设立齿学部。1968年以后，医・齿学部以外的全学部搬迁至五十岚地区。1977年人文学部改组为法文学部、后又改组为人文学部、法学部、经济学部等3学部，教育学部改组为教育人类科学部。2004年根据国立大学法人法，改为国立大学法人。