到2004年，该校拥有9个学部和8个大学院，以及脑研究所、积雪地域灾害研究中心等研究机构。学生数约为11,000人，是本州岛日本海一侧规模最大的国立大学。包括位于市区西部的面积最大的五十岚校区，位于市中心的医学系学部・机构集中的旭町校区以及位于西大畑地区的设立教育人类科学部附属学校以及面向社会人学生授课的新潟站南校区等三处校区。

　　另外，也在长冈市拥有附属学校（小学校、中学校、幼儿园），在佐渡市拥有理学部附属临海实验所，在同市和中蒲原郡村松町拥有农学部附属稻田科学教育研究中心。