在研究机构方面，冈山大学设有著名的生物资源研究所，该研究所在国立大学的农学研究中富有盛名，自1953年创立以来有多名研究员获得日本农学最高奖——日本农学奖。该研究所在2006年获得的社会研究基金超过3亿日元。此外，冈山大学还设有综合信息基础中心、医疗教育综合开发中心、生命自然科学研究支援中心、废弃物管理研究中心和埋藏文化财产调查研究中心等研究机构。
冈山大学各重点研究项目，有得到了文部科学省的“科学技术振兴调整费”支援的，也有得到日本学术振兴会科学研究补助金的，还有获得新能源与产业综合开发机构(NEDO)的产业技术研究事业补助金的。这些都是日本国内有名的学术类大型补助金。同时，冈山大学还开展了校内重点项目研究计划(校内COE计划)，为校内各研究项目的推进提供帮助。
