该校有两个校区,即府中校区和小金井校区,其中,府中校区是农学部、农学府、联合农学研究科、大学教育中心、FS中心和遗传基因实验设施所在地,而小金井校区则设置了工学部、工学府、生物系统应用科学府、产学合作与知识产权中心、仪器分析中心、综合信息媒体中心、小金井国际交流会馆、留学生中心和榉学生宿舍。在两大校区外,还设有府中国际交流会馆、枫学生宿舍、农学部附属荣町研究农场,以及其他农业实践基地和集训设施等等。
截至2010年5月1日,东京农工大学在校生共有6,920人,其中本科生3,998人、硕士研究生1,461人,博士研究生520人。另据2008年5月1日统计,留学生共有434人,其中本科生70人,研究生305人。来自中国的留学生最多,共有176人,占留学生总数的40.6%。中国留学生中攻读联合农学研究科的学生最多,有47人,其次为工学府和农学府,各有35人。