东京农工大学虽只专注两个学科的研究，但是经长年积累，其科研实力、科研成果的展示推广能力以及与社会各界合作的能力均受到好评。该校的实力也被公认不亚于规模巨大的综合性大学。在2004年完成国立大学法人化改制时，也实现了研究生院重点化，为进一步建设研究型大学完善了基础。在农学方面的研究机构有城市圈土地科学研究中心、动物医疗中心和蛋白质利用研究机构等，在工学方面的研究机构有创造工学研究中心，还有获得2009年日本科学技术振兴调整基金的项目——环境领域领导型人才培育中心。

　　东京农工大学还十分重视国际合作和交流。据2009年12月1日统计，该校已同34个国家和地区的78所大学和研究机构签订了大学间的学术交流协议，其中包括中国的上海理工大学、浙江大学、南京林业大学、华东理工大学、中国农业大学、云南农业大学、东北林业大学、南京农业大学、沈阳农业大学、南开大学、东华大学、东北农业大学、贵州大学、北京邮电大学、哈尔滨工业大学市政环境工程学院、上海交通大学机械工程学院、云南民族大学、北京林业大学、大连理工大学、清华大学和中国计量学院等。