开发研究
能源开发研究
日本政府每年投放多达80亿日元给东大、京都、九州等数所大学进行核聚变的基础论研究，以此开发新的能源。东大的理学部、原子能所、工学部等单位联手进行加速器科学、基本粒子、原子能等方面的理论与工程研究并已取得了初步的成果。
宇航研究
以东大宇宙线研究所为首的此项研究近年有较大的开展，日本政府每年拨款百余亿日元设备制造费和试验费，至今已发射了14颗卫星和多颗运载火箭，进行极光观测，探测行星和地球磁场，开展天文物理、无人宇宙实验室的试验。
地震火山研究
这项研究在世界上处于领先地位，政府每年拨款20亿日元进行此项综合研究，并在东大建立全国性的地震变化资料处理中心，在全国各地地震火山多发地区均设立了装置先进、预测可靠的观察所。
海洋研究
1967年东大海洋研究所建在一艘大型海洋勘察船，开展海洋勘察和海洋综合研究，后又建造一艘更加先进的船，近年来同美国财团合作，进行深海钻探，重大海洋地壳构成、海底生态、海底资源开发等领域。文部省拨款组织东大等校人员数次参加南极的综合科学考察。
癌研究
早在1983年日本政府提出“癌研究十年计划”，由东大、东北、大阪等大学参加，并与美国有关研究机构合作，集中对致癌原因、诊断方法、治疗途径三方面进行研究。研究还涉及生物化学、遗传学、核物理学等学科，东大的医学科学研究是该项研究中的中坚力量。
社会科学研究分理论研究和比较研究两方面（由社会科学研究所和东方文化研究所承担），另外特别集中对中国问题的研究，东方文化研究所12个部中就有9个部在研究中国问题，从远古到中华人民共和国、有关的学部中也有不少有关中国的系科专业设置。
