1582年，与早年许多在教廷特许（Papal Charter）下成立的大学不同，爱丁堡大学在苏格兰国王詹姆斯六世（James VI）的特许（Royal Charter）和爱丁堡市议会(Town Council)的资助下展开筹建；翌年，大学正式成立，作为欧洲宗教改革运动之后的第一所市立大学（Civic University），其最初的名称是“唐尼斯学院”（Tounis College），这是苏格兰的第四所也是整个英语圈的第六所大学。

　　在18世纪欧洲启蒙运动的浪潮中，爱丁堡大学逐渐成为学术中心和欧洲主要大学之一。著名的大哲学家休谟（David Hume）年轻时便在学校受教和成长。在1789年老学院（Old College）兴建之前，学校并没有专属的校园，如今这座建筑物仍然屹立于爱丁堡老城的南桥街（South Bridge）和钱伯街（Chamber Street）交接处；当初它的设计者是罗伯特·亚当（Robert Adam）。

　　如今，爱丁堡大学是罗素集团（Russell Group）（成员大学都是以研究为引导的英国大学）的成员。它也是唯一一所 （除牛津和剑桥外） 成为Coimbra group和 the LERU : 两个欧洲大学领导协会成员的大学。依据在2005 年泰晤士报排名，在大约120个英国学院中，爱丁堡名列第五。在 2005 年，它被苏格兰星期天泰晤士报评为年度苏格兰大学。在上海交通大学最近的世界大学排名中， 爱丁堡在欧洲排列第十，在全世界排名第30。爱丁堡大学是Universitas 21（研究型大学的国际协会）的一员。

　　依照Sutton Trus(2002），爱丁堡有在英国大学之中有第三大的共1亿6千万英镑的财政捐助。它也是第三大的学生捐助的学校。

　　学校院系包括3个学院21个学派

　　A.人文科学和社会科学学院

　　艺术，文化和环境、神学 、商学院、历史和古典、法律 、文学，语言和文化、社会科学中的健康 、哲学，心理学和语言科学、社会和政治学习 、教育学

　　B.医学和兽医学

　　生物医学科学、临床科学和群落健康 、分子和临床医学、兽医学习

　　C.自然科学和工程学

　　生物学科学、化学、地球科学、工程学和电子学·信息学 、数学、物理学