牛津共有38个学院，它们和学校的关系就像美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。每一所学院都由Head of House和几个Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。6个准学院（称为“永久性私人学堂”Permanent Private Halls、为各宗教教派所办），至今还保留着它们的宗教特许状。此外还有一个继续教育学院。在35个学院中，众灵学院没有学生，只有院士（包括访问院士）。各学院规模不等，但都在500人以下，学生、教师（院士）来自不同的专业学科。

　　除学院外，牛津大学的教学和研究活动（尤其是后者），主要由学部来组织，学部不是大学内的自治单位，它们都是跨学院的机构，不附属于任何一个学院，不过各学部的教师和学生，首先必须是牛津大学内某一学院的一员。牛津现有16个学部：人类学和地理学学部，生物科学学部，临床医学学部，英语和文学学部，法学学部，经典、哲学和古代历史学部，数学学部，中世纪和现代语言学部，现代历史学部，音乐学部，东方学学部，物理科学学部，生理科学学部，心理学学部，社会学学部，神学学部，文科学部下一般不再分系，理科学部下又分成30多个系，有的学部还设一些中心和研究所。此外，有的研究所（如教育研究所，招收有研究生）不隶属于上述各学部，而直属于大学。

　　十二世纪末的时候，牛津镇已经是一个重要的教育中心。从欧洲大陆与其他地方的学者定居在此，在1096年时就有一些教学活动。1167年巴黎大学的排外活动，让许多英国学者离开法国，回到英国牛津。

　　牛津大学建立时间不详，因为那并不是一个独立的事件，它可以追溯到1096年于那里开始的教学。当英法关系恶化，英王亨利二世于1167年禁止英国学生在巴黎大学学习后，牛津开始迅速发展。也就是从此时开始，第一个学校公寓建立，之后逐渐成为学院。1209年，由于学生暴力行为，大学被解散（此事件导致了一些学生和教师离开牛津并建立了剑桥大学）。1214年6月20日，经过一名教皇使节的磋商，大学重新回到了牛津，并得到了特许。牛津大学的身份直到1571年通过的一项法案而得到正式的确定。