目前，牛津共有39个学院，它们和学校的关系就像美国中央政府与地方政府的关系那样采用联邦制形式。每一所学院都由Head of House和几个Fellows管理，他们都是各种学术领域的专家，其中大多数在学校都有职位。6个准学院（称为“永久性私人学堂”Permanent Private Halls、为各宗教教派所办），至今还保留着它们的宗教特许状。此外还有一个继续教育学院。在35个学院中，众灵学院目前没有学生，只有院士（包括访问院士）。各学院规模不等，但都在500人以下，学生、教师（院士）来自不同的专业学科。

　　牛津的学院系统产生于大学诞生之时，并逐渐成为牛津市独立机构的集合体。

　　与大多数其他大学组织结构相似，牛津大学又根据专业分为不同的系。系通常在研究生教学中扮演主要角色，提供讲座、课程以及组织考试。系也通常是被外部机构包括大型研究委员会资助的研究中心。

　　学院

　　万灵学院（All Souls College）

　　贝利奥尔学院（Balliol College）

　　布雷齐诺斯学院（Brasenose College）

　　基督教堂学院（Christ Church）

　　基督圣体学院（Corpus Christi College）

　　艾克塞特学院（Exeter College）

　　格林坦普顿学院（Green Templeton College）

　　哈里斯˙曼彻斯特学院（Harris Manchester College）

　　赫特福德学院（Hertford College）

　　耶稣学院（Jesus College）

　　基布尔学院（Keble College）

　　凯洛格学院（Kellogg College）

　　玛格莉特夫人学堂（Lady Margaret Hall）

　　李纳克尔学院（Linacre College）

　　林肯学院（Lincoln College）

　　莫德林学院（Magdalen College）

　　曼斯菲尔德学院（Mansfield College）

　　墨顿学院（Merton College）

　　新学院（New College）

　　纳菲尔德学院（Nuffield College）

　　奥里尔学院（Oriel College）

　　彭布洛克学院（Pembroke College）

　　王后学院（The Queen’s College）

　　拉斯金学院（The Ruskin College）

　　圣安学院（St Anne‘s College）

　　圣安东尼学院（St Antony’s College）

　　圣十字学院（St Cross College）

　　圣凯瑟琳学院（St Catherine‘s College）

　　圣艾德蒙学堂（St Edmund Hall）

　　圣希尔达学院（St Hilda’s College）

　　圣休学院（St Hugh‘s College）

　　圣约翰学院（St John’s College）

　　圣彼得学院（St Peter‘s College）

　　萨默维尔学院（Somerville College）

　　三一学院（Trinity College）

　　大学学院（University College）

　　瓦德汉学院（Wadham College）

　　沃弗森学院（Wolfson College）

　　伍斯特学院（Worcester College）