克拉克森大学所设课程灵活，各系开设的课程有1/3到一半是选修课程，还有包括双学位和副修在内的许多跨学科学习机会。每个学生的GPA累计学分至少要达到2.0分，并且修完120个学时才能够毕业。跨学科工程与管理课程计划旨在使工程、商业、科学和文学艺术等课程间取得一种平衡。Project Arete是为那些追求商业职业研究的学生开设的。在大学范围内的跨校选修课程考试中，拿到3分或更高学分的学生将得到几乎所有跨校专业的认可。跨校学分在英语、数学和自然科学专业中非常普遍。