纽约市立大学是一个有十七名校董组成的校董会为纽约城市大学(CUNY)的决策管理机构。其中十名校董由纽约州州长任命，五名校董由纽约市市长任命。这十五名校董的任命必须经过纽约州参议院审核通过方能生效，任期七年，可连任一届。另一名校董由纽约城市大学学生政府主席担任。纽约城市大学教师协会主席也为校董之一，但无投票权。校董会任命一名总校长负责整个市立大学系统的管理，但各所分校的校长直接向校董会负责，而不向总校长负责。

　　在成立之初，纽约市立大学(CUNY)校董会和总校长只能对各个分校行使十分有限的管理权。这在一定程度上是因为大多数分校在纽约市立大学于1961年组建之前就已经存在了。例如，历史最久远的分校，1847年成立的纽约城市大学(CCNY)在纽约市立大学(CUNY)组建时已经存在了114年。这些分校是由纽约州议会授权成立。州议会确保了这些分校的自主权。

　　因此，在很多分校的校长、教师和学生眼中，纽约市立大学不过是一个由各所独立大学所组成的松散的联盟而已。而不少学生对各自所就读分校的认同感也强于他们对市立大学的认同感。然而最近几年，在纽约州州长和纽约市市长的推动下，市立大学校董会和总校长通过他们对经费的控制权-虽然这个控制并非绝对-逐渐加强了对各个分校的行政管理权，同时削弱了分校校长的权力。

　　截至于2007年，纽约市立大学(CUNY)由十七所分校(包括十一所四年制常规大学、六所两年制社区大学)和六所独立院校(包括一所荣誉大学、一所研究生院、一所法学院、一所新闻学院、一所生物医学院和一所专业学院)组成。

　　四年制分校

　　(1847年)纽约市立学院（也译作纽约城市学院，为纽约市立大学的创始学院，大部分纽约市立大学的诺贝尔奖获得者均出自本学院）

　　(1870年)亨特分校(原为纽约市的公立女子学院，从1970年代起开始录取男性学生。)

　　(1919年)巴鲁克分校，又译名柏鲁克分校，(原为城市大学的商业及公共管理学院，于1953年获得分校资格，由华尔街投资大师伯纳德·巴鲁克创立)

　　(1930年)布鲁克林分校

　　(1937年)皇后分校(由亨特大学与城市大学位于纽约市皇后区的校区合并而成。)

　　(1946年)纽约理工分校

　　(1955年)史泰登岛分校

　　(1964年)约翰·杰刑事分校

　　(1966年)约克分校

　　(1968年)雷曼分校(原为亨特大学位于纽约市布朗克斯区的校区。)

　　(1970年)麦德加·艾菲斯分校

　　两年制分校

　　(1957年)布朗克斯社区大学

　　(1958年)皇后社区大学

　　(1963年)曼哈顿社区大学

　　(1963年)国王郡社区大学

　　(1968年)拉瓜地亚社区大学

　　(1970年)侯斯托斯社区大学

　　研究生院及各独立院校

　　(1961年)纽约市立大学研究生院

　　(1973年)纽约市立大学索菲·戴维斯生物医学院

　　(1983年)纽约市立大学法学院

　　(2001年)纽约市立大学荣誉学院

　　(2006年)纽约市立大学新闻学院