斯克里普斯研究所基础研究含盖免疫学，分子和细胞生物学，化学，神经科学，自身免疫性疾病，心血管病学，病毒学和合成疫苗的发展。TSRI在这些学科领域的研究均获得国际上的公认，其中以在生物分子的基本机构和设计方式的研究方面表现尤为突出，是少数几个世界领先的中心之一。根据美国新闻与世界报道在2007年进行的排名，斯克里普斯研究学院在美国最好的生物科学研究院中排名第7位，在最好的化学研究院中排名第6位。