圣约翰学院秉承自由教育传统，创办伊始就以“通过自由教育解放学生、让学生自由”为教育目标。20世纪30年代以来，圣约翰学院深受永恒主义教育思想影响，至今仍留有深深烙印。圣约翰学院坚信自由教育具有永恒的适切性，能够让个体掌握广博的知识，学会严谨思考，拥有可迁移的能力，形成正确的价值观、强烈的伦理意识和公民责任感，从而获得生存和发展的力量。自由教育应该面向所有具有学习欲望和学习能力的人，不考虑学习者的阶级和经济地位。圣约翰学院把学习欲望作为新生录取的重要标准，认为学习欲望比SAT高分更能反映学生的学习能力。圣约翰学院从不向功利性教育妥协，强调教给学生生活技能，而不是工作技能。圣约翰学院指出，功利性教育只是手段，以谋生为目标，使用普通评价工具就可以测量；自由教育才是目的，目标是让生活有价值，只有通过终身生活质量才能够评价。自由教育能够把人的精神和理智从非自然和不健康的限制中解放出来，帮助学生实现潜能、获得幸福。

　　圣约翰学院的教育注重培养学生的精神，塑造学生的灵魂，训练学生的理智。圣约翰学院认为，人的精神和灵魂不能完全简化为科学公式，人的灵魂更需要优先培养。学院的责任在于为每个灵魂的兴趣服务，教给学生永恒的真理，训练学生的理智，保证每个个体健康成长，高薪工作和公民素养只是教育的副产品。最好的教育不在于具体教什么，而是更像一盏灯照亮学生内心，让学生重新发现自己，更好地成为自己，能够成功地面对自己。圣约翰学院的首要任务不在于培养学术精英、让学生通读西方文明，而是向学生传递对人类社会基础性问题的理解，这些问题不仅是今天必须面对，也是所有时代都必须面对的，既反映连续性也反映非连续性。圣约翰学院寻求把学生从未经验证的观点和传承而来的偏见的禁锢中解放出来，让学生为公众生活和个人生活的最终目的和手段做出明智选择。

　　圣约翰学院推崇以古典学科为中心的课程观，非常重视挖掘名著的教育价值。圣约翰学院宣称，名著能够转变思想、震撼心灵、触动灵魂深处，自由主要通过同名著的对话中获得。名著是人类知性传统的原始源泉，不仅启发人们理解长期困扰人类生存的问题，而且与当代社会问题有很大相关性，因此其价值既是永恒的，也是合乎时宜的。圣约翰学院把自古希腊至今的名著作为教学核心，目标是构建自由教育共同体。学习名著可以获得事实性知识，事实性知识在其他高校可能就是学生接受教育的全部，在圣约翰学院只是理解概念和思想的衍生物。圣约翰学院认为，学生在受教育之前很难做出富有见识的教育选择，学生应该顺从广泛的多样性，一味追求个人兴趣很难说是正确的。