圣约翰学院课程包括：

　　1. 四年的文学、哲学和政治学研讨会；

　　2. 四年的数学

　　3. 三年实验室课程

　　4. 四年语言（古希腊语，中期/早期英语，法语）

　　5. 大学第一年的合唱团以及第二年的音乐学习

　　东西方古典名作并不是圣约翰唯一的教材。希腊语和法语课仍然运用传统教材作为补充材料进行教学。科学实验和数学课上运用教师编写的手稿作为教材，其中包括原始资料和课后练习。举个例子，数学导师会把1905年艾尔伯特·爱因斯坦的论文和练习题结合，要求学生对论文中的数学过程进行操作。尽管如此，原始资料仍然是重中之重。所有研讨会中的阅读材料均出自东西方古典名著；音乐课则利用曲谱学习作曲家们的主要创作。

　　课程中唯一的选修课是第三、四年冬天简短的称作‘Perceptorials’的课程。这种课程的内容每年都有变化，一般囊括了‘巨作’体系中没有涉及的话题以及‘巨作’书单中没有纳入的作者作品，如《百年孤独》作者加布里尔·加西亚·马尔克斯以及诗人华莱士·斯蒂文斯。

　　平时学习中除了偶尔的语言测验、大二结束时必须通过的代数考试以及大三期末的法语考试外，并没有其他书面考试。学生会通过课堂讨论参与以及论文的形式被考核。在研讨会中，每个学期都有口头测试，测试方法是学生与一位或多位教师共同讨论，已证明他全面阅读并理解了这一学期的书单内容。学期中的写作作业包含短论文写作（一般不超过10页）。研讨会要求学生写作长篇论文。圣塔菲校区的学生每学期末必须就研讨会写论文。春季学期的论文会比较长，并且会在成绩单上单独列项评分；安那波利斯校区的学生每学年末必须写一篇长论文（20-30页）。辅导课和研讨会的论文不能是研究论文，而应该着重突出学生自己对于某部著作的分析或者对某种理论的解析。论文中尤其重要的是大二的论文，因为学校将据此评判一个学生是否有资格继续本科后两年的学习。大四期间，学生必须写作一篇大型论文，学生必须就这篇论文与三位教授评审进行答辩。