圣约翰学院的两个校区各有一座“托勒密石”，也就是天文学家托勒密发明的一种天文观测装置。这个装置是用来观测天体（特指太阳）的高度的。圣约翰的托勒密石是户外的一座长方形的棱柱圆台配合一个可移动的日晷。这件仪器也就是六分仪的前身。大学一二年级学生将在数学课上使用这个装置来计算太阳在黄道上的运动。学校的托勒密石强化了数学和实验科学与现实的联系以及学生动手研究自然的经历。