圣约翰大学本部在纽约市皇后区牙买加地段，占地九十五点五英亩，包括各个系所办公室和学校主要行政单位大厦，譬如St. Albert the Great Hall是药剂系所办公室、教室和实验室所在；St. Augustine Hall是图书总馆；Alumni Hall内有标准游泳池、室内篮球正式比赛和练习场地和一座小型剧场；St. John‘s the Baptist Hall是文理研究所所在；St. Louise De Marillac Hall是行政大楼，包括学生就业咨询和辅导中心、学生活动办公室都设在此；Perboyre Hall是全校行政管理和决策单位集中办公所在；Bent Hall主要由商业行政研究所使用等。