1886年，密尔沃基州立师范学校在密尔沃基市中心地区建校开课，最初仅有76名学生。在随后的42年中，学校快速发展，并增加了音乐、人文科学等专业。1919年，密尔沃基州立师范学校从市中心搬到密歇根湖畔西岸。1937年，学校更名为威斯康星州立师范学院。20世纪40年代，该学院成为美国顶尖的教师培训学院之一。1953年，改名为威斯康星州立密尔沃基学院。5年后，该学院与威斯康星大学合并。1956年，威斯康星州立密尔沃基学院和威斯康星大学在密尔沃基的延伸机构合并成目前的威斯康星大学密尔沃基分校。1971年，威斯康星大学与威斯康星州立大学系统合并，形成威斯康星大学系统。该校成为该新系统中的一所分校。 1994年，威斯康星大学密尔沃基分校成为卡内基基金会（博士/研究型大学，广泛）院校。在加入威斯康星大学系统后的50年中，威斯康星大学密尔沃基分校已扩大到14所学校和学院。2006年，威斯康星大学密尔沃基分校因对其所在城市社会发展的积极贡献被新英格兰高等教育委员会（NEBHE）评为“城市救世主”之一，并被市民投票选为“密尔沃基”十大宝石之一。