法兰克福大学创办的历史可以追溯到1890年，Franz Adickes 担任法兰克福市长任内。他认为随著产业与文化的进展，本市应设立一所大学。当地乡绅望族与知识份子纷纷响应筹建，在德皇威廉二世1914年下诏将学校定名为普鲁士国立的“法兰克福大学”之前，学校早已开始从事教学研究工作，又因建设经费主要透过民间集资而来，并非国家主导，当时故有“市民大学”（德语：Die Bürgeruniversität）之美称。其中又以银行家乔治诗贝亚的遗孀，Franziska Speyer 夫人捐赠的1400万金马克最为关键，让法兰克福大学跃升为当时首都柏林以外，设备最齐整的大学。此一发展基础在德国大学史上写下富有特色的一页。

　　法兰克福大学正式建于1914年，目前已发展成为德国最有名望的大学之一。它是靠法兰克福市民的捐赠建立起来的。捐赠是法兰克福的传统，多年来企业、团体和普通市民众多的捐赠活动让这一传统一直保持着生命力。捐赠基金由大学的朋友和支持者共同管理。

　　大学与临近的达姆斯塔特技术大学和美因兹大学以及当地的科研机构在多方面都有密切合作。作为当地科研机构的领导者，该大学将积极投身于莱因-美茵地区的发展建设视为己任和挑战。凭借其科技实力和实践经验，这座大学已成为社会、政治、经济和文化课题的解决中心。

　　1932年，以德国最受景仰的人文思想家歌德之名为大学命名，直到今日。据此，法兰克福大学又被称作歌德大学（德语：Goethe-Universität），简称“歌大”（德语：Goethe-Uni），并与市内其他采用法兰克福城市名的高等院校作出区别。

　　1950年代以后，新马克思主义学者们在法兰克福大学大放异彩，“法兰克福学派”之名不胫而走，成为二十世纪后半叶影响世界政治、经济、法律、社会重要的批判思潮。2014年，在欧洲大学史上相对年轻的法兰克福大学正式迎来百年校庆，并遴选新校长。2015年一月，由经济学家沃尔芙（德语：Birgitta Wolff）教授出任创校百年首位女性校长。